In Bayern wurde eine Kirchengemeindeordnung (KGO) verabschiedet. Durch sie erhielten die Kirchengemeinden den Status einer Körperschaft und waren fortan eigene Rechtspersönlichkeiten im Gefüge der staatlichen Rechtsordnung. Ausgehend von dieser Position konnten sie z.B. Eigentum gewinnen, Verträge schließen, Prozesse führen: sie waren ab sofort rechtsfähig. Eigene Entscheidungen in Bezug auf das Leben und die Mitglieder in ihrer Gemeinde lagen in ihrem Kompetenzbereich, wobei keine vorgesetzte Stelle sie lenkte, bestimmte oder beeinflusste. Bis dahin waren nur die Kirchen- und die Pfründesstiftungen Rechtspersönlichkeiten auf Gemeindeebene gewesen.

Der Erste Weltkrieg wurde von 1914-1918 in Europa, dem Nahen Osten, Afrika und Ostasien geführt und forderte rund 17 Millionen Menschenleben. Im Laufe des Ersten Weltkriegs gerieten von den 1.432.000 bayerischen Soldaten, die im Einsatz waren, rund 68.500 in Kriegsgefangenschaft. Neben der „Mobilmachung der Truppen“ erfolgte auch die „Mobilmachung der Barmherzigkeit“: Die Anstalten der Inneren Mission der Evangelischen Kirche kümmerten sich besonders um die  Pflege verwundeter Soldaten.

Die revolutionären Unruhen blieben damals nicht nur auf Russland beschränkt. Auch in Deutschland kam es zu Protesten und Aufständen. Am 7. November 1918 sammelte sich in Bayern eine kleine Gruppe von linken Politikern um den Sozialdemokraten Kurt Eisner (1867-1919) und versuchte den König zu stürzen. Die Gruppe wollte damit den Staat umwandeln von der Monarchie (der Herrschaft des Einzelnen) in eine Republik in Form einer parlamentarischen Demokratie (der Herrschaft von gewählten Volksvertretern) und außerdem sofort den Krieg beenden. Der Versuch gelang - ohne ernsthaften Widerstand, ganz unblutig. König Ludwig III. (1845-1921) dankte ab und Bayern wurde zum „Freistaat“: nun wurde es von keinem Monarchen mehr regiert, sondern von gewählten Politikern - „Freistaat“ hieß dasselbe wie „Republik“. Es folgte eine Trennung von Kirche und Staat. So konnte Kirche ihre eigenen Angelegenheiten künftig selbst bestimmen und traf eigene Entscheidungen – unabhängig vom Staat. Somit war sie kein Bestandteil der staatlichen Organisation mehr.

Am 11. August 1919 beschloss die am 19. Januar gewählte Nationalversammlung in der Stadt Weimar die erste republikanische und demokratische Verfassung Deutschlands. Dadurch erhielt das Volk das Mitbestimmungsrecht an der Regierung des Deutschen Reichs. Nach dem Ort ihrer Verabschiedung wird das Deutsche Reich für die Dauer seiner demokratischen Periode (von 1919 bis 1933) als „Weimarer Republik“ bezeichnet. Während der Jahre der Weimarer Republik baute die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern auf der Grundlage ihrer ersten eigenen Verfassung ihre innere Organisation aus, richtete zum Beispiel das Predigerseminar Nürnberg zur Ausbildung von Vikaren ein (1922) oder das Landeskirchliche Archiv in Nürnberg (1930).

Infolge der Trennung von Kirche und Staat gab sich die Evangelisch- Lutherische Kirche in Bayern am 10. September 1920 ihre erste eigenständige Kirchenverfassung. Diese war von einer neugewählten verfassunggebenden Generalsynode in Ansbach ausgearbeitet worden. Die neue Verfassung war die notwendige Antwort auf die Beseitigung des landesherrlichen Kirchenregimentsund bildete die Rechtsgrundlage des Weges in die neu gewonnene, noch ungewohnte Unabhängigkeit. Die Verfassung trat am 1. Januar 1921 in Kraft. Die bayerische Kirche übernahm den Titel Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern.

Bei der Verabschiedung der Kirchenverfassung wurde Friedrich Veit zum Kirchenpräsidenten gewählt. In seiner Funktion als bayerischer Kirchenpräsident wirkte  Veit 1924 beim ersten Vertrag einer Landeskirche mit dem Staat, dem bayerischen Staatskirchenvertrag, mit. Ebenso wirkte er bei der Herausgabe eines neuen Gesangbuches im Jahr 1927, eines neuen Katechismus 1928 sowie einer biblischen Geschichte 1932/33 mit. Am 24. Oktober 1928 beteiligte er sich an der Grundsteinlegung des Dienstgebäudes für das Landeskirchenamt München, das heute die Adresse Katharina-Bora-Straße 11 hat. Nach der Machtübernahme der Nationalsozialisten wurde Friedrich Veit am 11. April 1933 zum Rücktritt von seinem Amt gedrängt. Friedrich Veit ist durch seinen Titel „Kirchenpräsident“ einzigartig in der Geschichte der Evangelisch-Lutherischen Kirche Bayerns. Alle seine Nachfolger seit dem Jahre 1933, in dem Hans Meiser ihn ablöste, trugen dann den Titel „Landesbischof“.

Ab 1923 nahmen bayerische Theologinnen erstmals an kirchlichen Examina an den Universitäten teil. Doch die evangelische Landeskirche in Bayern akzeptierte keine Frauen im Pfarramt. Die ersten bayerischen Theologinnen arbeiteten daher vor allem als Religionslehrerinnen an Schulen.

Die Revolution von 1918 hatte den Sturz König Ludwigs III. zur Folge, ebenso das Ende der Monarchie. Diese Veränderungen machten es notwendig, das Verhältnis von katholischer Kirche und Staat in Bayern neu zu definieren. 1924 wurde ein „Konkordat“, ein „Staatskirchenvertrag“ abgeschlossen, welcher die gegenseitigen Ansprüche und Rechte von Staat und Kirche festlegte. Der Staat besetzte demnach zum Beispiel keine kirchlichen Stellen mehr – diese vergab nur noch die Kirche selbst. 1924 schlossen der Freistaat Bayern und die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern parallel zum Konkordat einen Staatsvertrag. Er regelte unter anderem Verpflichtungen des Staates gegenüber der Evangelisch-Lutherischen Kirche in Bayern, die in ihrer Unabhängigkeit der römisch-katholischen Kirche nicht nachstehen sollte.

Am 4. Mai 1933 wählte die Synode Hans Meiser (1881-1956) in das neue Amt des Landesbischofs von Bayern. Am 11. Juni 1933 erfolgte in der Lorenzkirche in Nürnberg die öffentliche Amtseinführung. Viele Vertreter des Staates und der "Nationalsozialistischen Deutschen Arbeiterpartei" (NSDAP) waren dabei. In seiner Amtszeit verdeutlichte Meiser sein Vorhaben, die evangelisch-lutherische Kirche vor der Einflussnahme der Nazis zu schützen. Das brachte ihm umgehende Hetzattacken der Nazis ein, die versuchten, Meiser aus seinem Amt zu stoßen – jedoch ohne Erfolg.

Die „Bekennende Kirche“ war eine Bewegung evangelischer Christen gegen die Versuche der Gleichschaltung von Lehre und Organisation der Deutschen Evangelischen Kirche mit dem Nationalsozialismus. Die Bekennende Kirche gründete sich im Mai 1934. Die Mitglieder der Bekennenden Kirche tagten regelmäßig bei „Bekenntnissynoden“. 1934 wurde auf der Bekenntnissynode in Wuppertal-Barmen die „Barmer Theologische Erklärung“, auch „Barmer Bekenntnis“ genannt verabschiedet. Sie stellte das theologische Fundament der Bekennenden Kirche dar. Die wohl wichtigste Bekenntnissynode fand 1935 im bayerischen Augsburg statt, wo die Mitglieder die erste vorläufige Leitung der Bekennenden Kirche wählten. Auch wenn die Zeiten mitunter mehr als schwierig waren, schaffte es die Bekennende Kirche, einen guten Teil der Evangelischen Kirche in Deutschland vor der totalen Vereinnahmung durch die Nazis zu bewahren. Somit trug sie wesentlich zum Scheitern der NS-Kirchenpolitik bei.

Während der Zeit des Nationalsozialismus amtierte Hans Meiser als Landesbischof von Bayern. Die bayerische Landeskirche blieb – als einzige evangelische Landeskirche neben Hannover und Württemberg – dank Meisers standhafter Abwehrhaltung gegen die Bedrohung des Bekenntnisses durch die Nazis bis zum Ende des Zweiten Weltkrieges intakt und konnte sich erfolgreich gegen die Einflussnahme der Nazis und die Übernahme durch die „Deutschen Christen“ zur Wehr setzen. Im Herbst 1934 setzten die Nazis Landesbischof Meiser deshalb kurzfristig ab und stellten ihn unter Hausarrest. Nach Meisers Verhaftung gliederten sie die Evangelisch-Lutherische Kirche in Bayern vorübergehend in die Reichskirche ein. Daraufhin kam es zu wochenlangen Massenprotesten des Kirchenvolkes, um Meisers Freilassung und die Wiedereinsetzung in sein Amt zu erwirken – was schließlich gelang.

Bei einem weiteren „Frankentag“ auf dem fränkischen Hesselberg im Juni 1935 kam es zum ersten offenen Angriff gegen die Kirchen. Wieder war Hermann Göring als Gastredner eingeladen und äußerte sich diesmal heftig gegen die Kirchen, welche die „Frankentage“ auf dem Hesselberg öffentlich kritisiert hatten. Göring wertete die kirchliche Kritik als „Geschwätz von zänkischen Pfarrern“ ab.

Die Theologin Liesel Bruckner gründete im September 1935 den „Bayerischen Theologinnenkonvent“ in Nürnberg. An dessen Spitze stand sie bis 1970. Der Konvent sollte die Theologinnen Bayerns zusammen-führen und das Wir-Gefühl der  Frauen stärken. Als Reaktion lehnte der bayerische Landeskirchenrat die Zulassung von Theologinnen zu kirchlichen Prüfungen ab. Frauen, die bereits ihr Studium abgeschlossen hatten, ersuchte er überdies nur dann noch zu prüfen, „wenn sie mit ihrer Meldung  zur Prüfung die schriftliche Erklärung abgeben, dass sie sich bewusst sind, durch die erfolgreich abgelegte Prüfung einen Anspruch auf Anstellung nicht zu erwerben“.

Der Zweite Weltkrieg (1939-1945) war der zweite Krieg sämtlicher Großmächte des 20. Jahrhunderts. Er war der bislang größte und verheerendste Krieg in der Menschheitsgeschichte. Er forderte circa 55 bis 60 Millionen Menschenleben. Alleine durch den „Holocaust“, den Völkermord, den das Nazi-Regime an den Juden in Europa beging, wurden mindestens 6 Millionen Menschen getötet. Während des Zweiten Weltkrieges wurden auch zahlreiche Ordensmänner aus Bayern zum Wehrdienst eingezogen – und kehrten nicht mehr lebend von der Front zurück.

Im Jahr 1943 verfasste der Lempp-Kreis die „Osterdenkschrift Münchner Laien“. Die Schrift zählte zu den mutigsten Zeugnissen evangelischer Christen gegen die Judenverfolgung der Nazis. Sie wurde an den bayerischen Landesbischof Meiser übergeben. Die Verfasser warfen den Kirchen eine ignorante Haltung gegenüber den Judenverfolgungen vor und erklärten dies für untragbar.

Im Oktober 1944 wurde in Bayern das „Vikarinnengesetz“ erlassen, das die Stellung der bayerischen Theologinnen etwas aufwertete: Theologinnen durften nun das Wort Gottes in Kindergottesdiensten verkünden, Frauen und Kindern Bibelstunden sowie Religionsunterricht an Schulen erteilen. Noch immer aber erhielten sie keine Ordination, die es ihnen erlaubte, innerhalb der Kirche das geistliche Amt (Verkündigung des Wortes und Verwaltung der Sakramente) voll auszuführen. Auch ihre Bezahlung war niedriger als derjenige männlicher Kollegen. Überdies mussten sie sich verpflichten, nicht zu heiraten. Praktisch kam das „Vikarinnengesetz“ erst im Sommer 1947 zur Anwendung: die ersten neun bayerischen Vikarinnen wurden hieraufhin eingesegnet.

Das Evangelische Hilfswerk wurde im Jahr 1945 direkt nach dem Zweiten Weltkrieg gegründet: eine Hilfsorganisation der Evangelischen Kirche  in Deutschland (EKD). Nach dem Krieg herrschte in Deutschland große Not unter den Menschen. Deshalb versuchte das Hilfswerk, jede Gemeinde und jedes Gemeindemitglied dazu anzuregen, anderen zu helfen. In den Landeskirchen entstanden Hauptbüros des Evangelischen Hilfswerks, das Zentralbüro befand sich in Stuttgart. Das Hilfswerk unterstützte unter anderem Flüchtlinge und baute Wohnungen, Alten- und Lehrlingsheime. 1957 schlossen sich das Evangelische Hilfswerk und die Innere Mission zur „Inneren Mission und Hilfswerk der Evangelischen Kirche in Deutschland“ zusammen. Seit 1975 wurde es als „Diakonisches Werk“ der EKD bezeichnet. In Bayern waren die Grundlagen für diese Zusammenlegung bereits 1948 durch die Umstrukturierung zum Landesverband für Innere Mission in Bayern geschaffen worden

SS-Obergruppenführer Felix Steiner sollte sich auf Befehl Hitlers mit seinen Soldaten in die „Schlacht um Berlin“ einmischen, bei der die „Rote Armee“ der Sowjetunion die deutsche Hauptstadt Berlin besetzte. Steiner verweigerte den Befehl – er beurteilte die sowjetischen Truppen als zu stark. Am 30. April 1945 beging Hitler mit seiner Ehefrau Eva Braun Selbstmord. Nachfolger Hitlers wird zunächst Großadmiral Karl Dönitz in Flensburg. Am 8. Mai 1945 erlaubte er Generaloberst Alfred Jodl, die „bedingungslose Kapitulation“ der deutschen Wehrmacht zu unterschreiben.